Es importante aclarar que algunos de los problemas pueden considerarse menores mientras otros son de creciente preocupación. El lago se ve afectado por el exceso de sedimentos (tierra arrastrada por la lluvia), debido a la pérdida de los bosques, lo que aumenta la erosión; por el exceso de nutrientes, provenientes del arrastre de agroquímicos y por la presencia de pesticidas que dañan a peces, aves y personas. 

El exceso de nutrientes en el agua provoca abundancia de lirio acuático, el cual forma manchas flotantes que se mueven por acción del viento, y se acumulan en las orillas. Las masas de plantas inhiben al fitoplancton (algas microscópicas, que son la base de la red alimentaria del ecosistema y además producen oxígeno), afectan el desarrollo de las poblaciones de peces y son una fuente de riesgo para la salud, favorecer la proliferación de mosquitos que pueden transmitir enfermedades como paludismo y dengue.

El lago también recibe una amplia variedad de contaminantes provenientes de la cuenca: desechos de la industria de elaboración de pieles, petrolera, mueblera, tequilera y lechera; además de aguas negras. Aún así, la calidad del agua del lago se mantiene mejor de lo que se esperaría. ¿Por qué? Porque el lago puede protegerse al encapsular parte de las sustancias dañinas. Los sedimentos del lago han “secuestrado” contaminantes a lo largo de décadas, mientras los vientos oxigenan el agua y la luz del sol se deshace de parte de las bacterias patógenas. 

Pero el lago no puede defenderse por completo. Es responsabilidad de todos los que nos beneficiamos de sus servicios ambientales conocer los problemas y su origen, para darles solución. Lagos en condiciones mucho más difíciles (como el Lago Mono en EUA, Lago Chilika en India y Laguna de Bay en Filipinas) se han recuperado con el trabajo conjunto de ciudadanos, grupos de investigación y de gobierno.