Pez mediano de cuerpo plateado alargado, cubierto de escamas, sin espinas en las aletas, color gris en el dorso y vientre con tonos blanco. Boca desprovista de dientes, puede llegar a medir hasta 23 cm.

Hábitat: Antiguamente se le encontraba en todo el lago de Chapala y en sus corrientes tributarias y en el río emisario del mismo lago. Las actividades agrícolas, industriales y pesqueras, además de la disminución del volumen del lago, han restringido en la actualidad  su distribución a la boca de los ríos y arroyos donde hay vegetación acuática.

Reproducción: El desove coincide con la temporada de lluvias desde mediados de junio hasta fines de agosto y tiene lugar en zonas de ligero oleaje del lago y en la desembocadura de los ríos adyacentes. Los huevos fecundados son amarillentos, son libres, transparentes y de forma esférica, requieren de agitación para su incubación, la cual tiene una duración de cinco días a 24 °C. La popocha alcanza la madurez sexual en un año.

Alimentación: Se le considera como omnívora; su alimento principal son decápodos, aunque también consume restos vegetales y materia de origen animal.

Estado de conservación: La popocha se encuentra protegida en el cuadro oficial de vedas de los recursos pesqueros de México, mismo que prohíbe su captura. Otras medidas que pueden contribuir en su protección quedan contempladas dentro del seguimiento del Plan Chapala, que incluye la recuperación del volumen y calidad del agua del lago, que repercutirán en el restablecimiento del hábitat (Arreguí, 1979).

Nombre científico: Algansea popoche

Son peces de talla mediana, delgados y largos. Tienen una banda lateral plateada, un hocico afilado y sus dientes son pequeños. Su cuerpo está cubierto de escamas redondeadas. También se le conoce como pez blanco cuchillo. La longitud de estos peces oscila entre 23cm y 27cm.

Hábitat: Pez propio de aguas quietas como lagos, embalses, pantanos, etc. y templadas, con poca vegetación, con fondos arenosos o de grava.

Distribución: Se ha establecido que la especie C. sphyraena es exclusiva del Lago de Chapala, Jal. La distribución natural del género abarca los estados de Michoacán, Jalisco, Nayarit, Aguascalientes, Estado de México y Guanajuato.

Reproducción: Su época de reproducción es de octubre a enero. La proporción sexual para reproducción es de tres a cuatro machos por cada hembra. La puesta de huevos se lleva a cabo en las orillas con oleaje ligero de fondos rocosos o de tepetate y sobre plantas o rocas cubiertas por algas filamentosas o bien, en raíces de árboles. Una hembra de talla promedio pone alrededor de 15 a 20 mil huevos. No hay cuidado parental.

Alimentación: Su alimentación en tallas juveniles se basa en el consumo de microcrustáceos y zooplancton y en etapas adultas se le clasifica como consumidor de peces pequeños (como charales) y crustáceos.

Estado de conservación según UICN: Vulnerable.

Nombre científico: Chirostoma sphyraena

Pez pequeño y delgado, cubierto de escamas. De cabeza larga y aplanada. Con dos aletas dorsales. Tiene una boca pequeña con dientes y cuenta con labios gruesos. Presenta elevada agilidad en sus movimientos y muy hábil en sus maniobras debido a la forma de su cuerpo.

Hábitat: Se encuentra en aguas turbias y poco profundas de la orilla del Lago de Chapala.

Distribución: Únicamente en el estado de Jalisco.

Reproducción: Es ovíparo y se reproduce en primavera. Una hembra pone alrededor de 600 huevos. El huevo es redondo y de color amarillo.

Alimentación: Se alimenta de pequeñas larvas y organismos microscópicos.

Estado de conservación según la IUCN: Vulnerable

Nombre científico: Chirostoma chapalae

Es un pez de agua dulce. La carpa nativa puede alcanzar un peso de 300g y una longitud de 29cm. Presenta las aletas alargadas.

Hábitat: Se localiza en la mayoría de los hábitats acuáticos, en lagos, arroyos estanques y aguas abiertas, con sustratos lodosos, grava y roca.

Distribución: Se distribuye en la cuenca del sistema hidrológico Lerma-Chapala-Santiago, desde la parte alta del Río Grande de Santiago; incluidos los afluentes que drenan a partes de la Mesa Central y las partes superiores del sistema del Río Ameca. También se le encuentra en el estado de Aguascalientes en la microcuenca Río Viejo Agua Zarca. La presencia de la especie en los diferentes cuerpos de agua indica su alta capacidad adaptativa a una amplia variedad de hábitats.

Reproducción: Su época de reproducción inicia en marzo y finaliza en octubre.

Alimentación: materia vegetal, crustáceos, larvas de insectos, gusanos y moluscos.

Pez de ojos pequeños, de piel dura y de cuerpo sin escamas. Reconocido por sus barbillas que parecen largos bigotes, parecidos a los de un gato, estos se encuentran a cada lado de la mandíbula y los utiliza como órgano sensorial para rastrear a sus presas. Tiene labios delgados y la boca grande con muchos dientes pequeños. Posee aletas con espinas, siendo muy útiles cuando son atacados por algún depredador.

Hábitat: Solo se puede encontrar en el Lago Chapala. Prefieren estar sobre superficies lodosas del fondo. Los bagres son nativos de aguas que fluyen en ambientes templados.

Reproducción: Son ovíparos y se reproducen generalmente durante la primavera y el verano. Los huevos son depositados a menudo bajo troncos caídos o en algún tipo de espacio hundido natural.

Alimentación: Son omnívoros de hábitos nocturnos. Su dieta incluye en mayor medida insectos, cangrejos, caracoles y otros peces. Se comportan como oportunistas y carroñeros.

Estado de conservación: El bagre de Chapala no se encuentra en la lista roja de especies amenazadas de la UICN ni en la NOM-059-SEMARNAT-2010 a pesar de que es parte del grupo de especies nativas que constituyen la biodiversidad del lago y que hoy son significativamente escasas. Como consecuencia del efecto combinado de sobrepesca y pérdida de hábitat, la pesquería del bagre en el Lago de Chapala se encontraba prácticamente colapsada para principios de 1990. Este bagre que se pesca en Chapala es muy apreciado pero está casi extinto, por lo que el que se prepara actualmente proviene de granjas acuícolas. En la región se prepara un platillo típico llamado caldo michi.

Nombre científico: Ictalurus dugesii