Entre los animales endémicos, están los charales y el pescado blanco, ambos considerados en peligro de extinción. También el bagre de Chapala y el ajolote de Chapala, amenazados por la contaminación, la afectación de su hábitat y la presencia de peces invasores, como la carpa asiática y la mojarra, que compiten por espacio y alimento. 

La desaparición de peces nativos no sólo es una pérdida de biodiversidad: también afecta a la gente que depende de la pesca, daña los procesos culturales asociados (como la gastronomía y las artes de pesca) y aumenta la marginación.